🧬 École de Bioinformatique Inserm - IFB - INRAe (EB3I)

Assemblage et annotation de génomes procaryotes et eucaryotes

Description

L’école Assemblage et Annotation (AA) fait partie des formations proposées dans le cadre des Écoles de Bioinformatique Inserm - IFB - INRAe (EB3I).
Elle a pour objectif de former les biologistes à la mise en œuvre et à la compréhension des différentes étapes menant à l’obtention d’un génome complet et annoté à partir de données de séquençage haut débit, incluant des technologies long reads et hybrides.

La formation alterne sessions théoriques courtes et ateliers pratiques, permettant aux participants de manipuler directement les outils et d’interpréter leurs résultats.

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Objectifs pédagogiques

Les participants apprendront à :

• Contrôler la qualité de données de séquençage long read ou hybride.
• Réaliser un assemblage de novo et des étapes de scaffolding et polishing.
• Effectuer l’annotation structurale et fonctionnelle d’un génome.
• Différencier les approches pour les procaryotes et les eucaryotes.

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Environnement de travail

L’ensemble de la formation repose sur l’utilisation de la plateforme Galaxy, accessible via un environnement web.
Aucune installation locale ni connaissance préalable en ligne de commande n’est requise.

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Public visé

Cette formation s’adresse aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs, praticiens, etc.) souhaitant :

• Acquérir des bases solides en bioinformatique appliquée à la génomique.
• Comprendre et mettre en œuvre un pipeline complet d’assemblage et d’annotation.

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Organisation

• Durée : Du lundi 9h au vendredi 14h.
• Lieu : Station biologique de Roscoff (Hôtel de France).
• Langue : Français.
• Prérequis : Aucun.

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Frais d’inscription

• Académiques et EPIC : 1000 € HT
• Industriels : 2500 € HT
  Les frais incluent l’hébergement et la restauration.
  Les frais de transport restent à la charge des participants.

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Prochaine édition

• Dates : Non déterminées
• Inscriptions : Non ouvertes

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Contacts

Pour toute question relative à la formation :
📧 ecole bioinformartique

Suivez les actualités de l’école : 🔗 LinkedIn

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📂 Contenu du dépôt

Ce dépôt contient le matériel pédagogique en cours de développement pour l’école Assemblage et Annotation (AA).
Les contenus peuvent encore évoluer avant leur utilisation en formation.

Vous y trouverez :

• Les supports de cours et présentations en préparation.
• Les jeux de données utilisés dans les ateliers.
• Les tutoriels Galaxy et documents pratiques associés.

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🔗 Liens vers les versions utilisées des cours

Les supports validés et finalisés pour chaque édition de l’école sont publiés dans le dépôt officiel suivant :
Cours utilisées – Assemblage et Annotation (AA) 2024