Gestion des individus

Introduction

Le suivi d'individus dans Monitoring permet de :

• Créer des individus
• Créer des marquages associés aux individus (un individu peut avoir plusieurs marquages)
• Partager des individus entre les modules (pas encore possible ?)

Base de données

Le schéma de base de données est le suivant :

NOTE: Les tables en gris sont affichées à des fins de compréhension.

Nomenclature

Le type de marquage est stocké dans une nomenclature dont le type est TYP_MARQUAGE. Ce type a été spécialement créé pour le marquage des individus.

Implémentation dans le module

Objets à déclarer

Il y a donc 2 objets déclarés dans le module :

• individual
• marking

L'objet marking doit être un enfant de l'objet individual. Dans le fichier config.json d'un sous-module, il suffit de déclarer le tree comme suit :

"tree": {
    "module": {
      "site": {
        "visit": {
          "observation": null
        }
      },
      "individual": {
        "marking": null
      }
    }
  }

L'objet individual peut être inséré comme tel pour créer un onglet au même niveau que le site afin d'avoir la liste d'individus facilement accessible.

Des champs additionnels personnalisés peuvent être définis au niveau des marquages des individus via la création d'un fichier marking.json. Il n'est pas possible d'ajouter de champs additionnels au niveau des individus eux-mêmes. Cette impossibilité émane du fait que le widget individu, créé côté GeoNature, propose un formulaire de création disposant de champs fixes qui ne doit donc pas différer du formulaire côté Monitoring.

Le widget individu

Ce widget, disponible dans les composants de GeoNature, permet de :

• Sélectionner un individu déjà présent
• Créer un nouvel individu

Il se présente comme tel :

Et en cliquant sur le "+", un formulaire de création d'individu apparaîtra :

Il est paramétrable en json comme ceci :

"id_individual": {
    "type_widget": "individuals",
    "attribut_label": "Choix de l'individu",
    "id_module": "__MODULE.ID_MODULE",
    "id_list": "__MODULE.ID_LIST_TAXONOMY",
    "cd_nom": "__MODULE.CD_NOM"
}

Les attributs sont optionnels (si le contraire n'est pas spécifié) et sont les suivants :

• id_module (obligatoire) : permet de spécifier le sous-module auquel doivent être rattachés les individus proposés dans le menu déroulant. Il est obligatoire pour assurer le calcul de permissions de l'utilisateur en "Read" et en "Create".
• id_list : dans le formulaire de saisie, restreint la saisie d'espèces à une liste taxonomique
• cd_nom : fixe le champ Taxon au cd_nom donné et donc ne le fait pas apparaître dans le formulaire.

Cas d'un protocole mono-spécifique

Il est possible de renseigner une seule espèce pour un protocole. Comme spécifié dans la documentation du sous-module, une variable __MODULE.CD_NOM est disponible pour renseigner un même cd_nom pour chaque widget.

Dans le cas des individus, le fichier config.json doit paramétrer un champ cd_nom et masquer le champ id_list_taxonomy (qui devient inutile si une seule espèce est définie) :

{
  "module_label": "Test",
  "module_desc": "Module de test individus",
  "specific": {
    "cd_nom": {
      "type_widget": "taxonomy",
      "attribut_label": "Espèce",
      "type_util": "taxonomy",
      "required": true
    },
    "id_list_taxonomy": {
      "hidden": true
    }
  }
}

Le fichier observation.json peut donc être écrit de cette manière :

{
  "specific": {
    "cd_nom": {
       "type_widget": "text",
       "required": false,
       "hidden": true
    },
    "id_individual": {
      "type_widget": "individuals",
      "attribut_label": "Choix de l'individu",
      "id_module": "__MODULE.ID_MODULE",
      "id_list": "__MODULE.ID_LIST_TAXONOMY",
      "cd_nom": "__MODULE.CD_NOM",
      "hidden": false
    }
  }
}

Cas des observations

Pour que les individus soient implémentés dans le module, la contrainte NOT NULL sur la colonne cd_nom de gn_monitoring.t_observations a du être supprimée au profit d'une contrainte NOT NULL sur la colonne cd_nom OU la nouvelle colonne id_individual.

Pour pouvoir donc saisir des individus au lieu d'espèces dans une observation, la configuration minimale du fichier observation.json doit être la suivante :

{
  "specific": {
    "cd_nom": {
       "type_widget": "text",
       "required": false,
       "hidden": true
    },
    "id_individual": {
      "type_widget": "individuals",
      "attribut_label": "Choix de l'individu",
      "id_module": "__MODULE.ID_MODULE",
      "id_list": "__MODULE.ID_LIST_TAXONOMY",
      "hidden": false
    }
  }
}

Elle permet de désactiver la saisie du cd_nom au profit de l'individu.

Permissions

Comme tout objet Monitoring, des permissions seront ajoutées à l'installation pour CRUD sur les objets MONITORINGS_INDIVIDUALS et MONITORINGS_MARKINGS.