The Single-Cell Notebooks with Docker

September 2, 2025 · View on GitHub

This guide shows you how to install and run single-cell analysis notebooks using Docker, even if you've never used Docker before. Take a deep breath, follow the steps, and you'll be fine! 🚀

What is this?

This project provides ready-made Jupyter notebooks for analyzing single-cell transcriptome data (single-cell RNA-seq). Everything comes packaged in a Docker image — meaning you don't need to install Python, libraries, or configure anything complicated.

Step 1: Install Docker

First, you need to have Docker installed on your computer.

Go to docs.docker.com/install and follow the instructions for your operating system (Windows, macOS, or Linux).

Step 2: Download the notebook image

Open the terminal (or command prompt) and type:

docker pull integrativebioinformatics/sc-notebooks

Step 3: Prepare a local folder

Create a folder on your computer where you want to save the generated files.

Example paths:

  • Windows: C:\my_data_sc
  • Mac/Linux: ~/my_data_sc

This folder will be mounted inside the Docker container so you can access and save files directly from Jupyter.

Step 4: Run the container

Open the terminal and run the command below, replacing [LOCAL_PATH] with the path to the folder you created in the previous step:

docker run --rm -p 8888:8888 -v [LOCAL_PATH]:/home/jovyan/work integrativebioinformatics/sc-notebooks

docker run --rm -p 8888:8888 -v C:\my_sc_data:/home/jovyan/work integrativebioinformatics/sc-notebooks

Step 5: Open the notebooks in the browser

After running the container, open the browser and Access:

http://127.0.0.1:8888/tree?token=SC-Notebooks

PT - BR

The Single-Cell Notebooks com Docker — Guia para Iniciantes

Este guia mostra como instalar e rodar os notebooks de anĂĄlise single-cell usando Docker, mesmo que vocĂȘ nunca tenha usado Docker antes. Respira fundo, segue os passos, e vai dar tudo certo! 🚀

O que Ă© isso?

Este projeto disponibiliza notebooks Jupyter prontos para anĂĄlise de dados de transcriptoma de cĂ©lula Ășnica (single-cell RNA-seq). Tudo vem empacotado em uma imagem Docker — ou seja, vocĂȘ nĂŁo precisa instalar Python, bibliotecas ou configurar nada complicado.

Passo 1: Instalar o Docker

Antes de tudo, vocĂȘ precisa ter o Docker instalado no seu computador.

Acesse docs.docker.com/install e siga as instruçÔes para seu sistema operacional (Windows, macOS ou Linux).

Passo 2: Baixar a imagem dos notebooks

Abra o terminal (ou prompt de comando) e digite:

docker pull integrativebioinformatics/sc-notebooks

Passo 3: Preparar uma pasta local

Crie uma pasta no seu computador onde vocĂȘ quer guardar os arquivos gerados.

Exemplos de caminhos:

  • Windows: C:\meus_dados_sc
  • Mac/Linux: ~/meus_dados_sc

Essa pasta serĂĄ montada dentro do container Docker para que vocĂȘ possa acessar e salvar arquivos diretamente do Jupyter.

Passo 4: Rodar o container

Abra o terminal e execute o comando abaixo, substituindo [CAMINHO_LOCAL] pelo caminho da pasta que vocĂȘ criou no passo anterior:

docker run --rm -p 8888:8888 -v [CAMINHO_LOCAL]:/home/jovyan/work integrativebioinformatics/sc-notebooks

docker run --rm -p 8888:8888 -v C:\meus_dados_sc:/home/jovyan/work integrativebioinformatics/sc-notebooks

Passo 5: Abrir os notebooks no navegador

Depois de rodar o container, abra o navegador e acesse:

http://127.0.0.1:8888/tree?token=SC-Notebooks

ES

The Single-cell Notebooks con Docker: GuĂ­a para principiantes

Esta guĂ­a te muestra cĂłmo instalar y ejecutar notebooks de anĂĄlisis de una sola cĂ©lula con Docker, incluso si nunca lo has usado. ÂĄRespira hondo, sigue los pasos y todo irĂĄ bien! 🚀

¿Qué es esto?

Este proyecto proporciona notebooks Jupyter listos para usar para analizar datos del transcriptoma de célula unica (secuenciación de ARN de célula unica). Todo viene empaquetado en una imagen de Docker, lo que significa que no necesitas instalar Python, bibliotecas ni configurar nada complicado.

Paso 1: Instalar Docker

Primero, necesitas tener Docker instalado en tu ordenador.

Ve a docs.docker.com/install y sigue las instrucciones para tu sistema operativo (Windows, macOS o Linux).

Paso 2: Descargar la imagen del notebook

Abre la terminal (o el sĂ­mbolo del sistema) y escribe:

docker pull integrativebioinformatics/sc-notebooks

Paso 3: Preparar una carpeta local

Crea una carpeta en tu ordenador donde quieras guardar los archivos generados.

Ejemplos de rutas:

  • Windows: C:\dato_sc
  • Mac/Linux: ~/dato_sc

Esta carpeta se montarĂĄ dentro del contenedor Docker para que puedas acceder y guardar archivos directamente desde Jupyter.

Paso 4: Ejecutar el contenedor

Abre la terminal y ejecuta el siguiente comando, reemplazando [LOCAL_PATH] por la ruta de la carpeta creada en el paso anterior:

docker run --rm -p 8888:8888 -v [LOCAL_PATH]:/home/jovyan/work integrativebioinformatics/sc-notebooks

docker run --rm -p 8888:8888 -v C:\dato_sc:/home/jovyan/work integrativebioinformatics/sc-notebooks

Paso 5: Abrir los notebooks en el navegador

Después de ejecutar el contenedor, abre el navegador y accede a Access:

http://127.0.0.1:8888/tree?token=SC-Notebooks